巴基斯坦和印度自从建国以来由于宗教和领土的原因一直尖锐对立了几十年，在此期间除了两国之间的正面对抗之外，两国国内都存在一定的自发成立的武装组织。1979年苏联入侵阿富汗后大量阿富汗的反苏武装涌入巴基斯坦，一时间巴基斯坦成为各种宗教极端势力的大本营。这时美国出于遏制战略对手苏联的意图而对这些组织大力支持，这其中就包括塔利班、基地组织以及成为这次印巴冲突导火索的默罕默德军。事实上巴基斯坦对这些组织的存在也是颇为恼火——根据巴方公布的资料:2003~2018年巴基斯坦境内发生的恐怖袭击造成巴基斯坦2.2万平民和约7000名安全部门人员丧生。恐怖袭击对巴基斯坦造成的经济损失高达1230多亿美元。同时这些极端组织的存在大大损害了巴基斯坦在国际上的形象。这些组织尽管出于原教旨理念客观上可能起到打击印度的作用，但与此同时这些组织也会袭击巴基斯坦以及与巴基斯坦友好的国家，这也是为什么中国驻巴基斯坦的外交机构以及援建工程会遭到袭击的原因所在。这些组织优先考虑的并不是巴基斯坦国家和国民的福祉利益，而是极端的原教旨宗教理念，甚至其成员也不见得是巴基斯坦人。对巴基斯坦政府而言：这些组织是自己难以控制的不确定不安稳的因素。之所以巴基斯坦迟迟没对这些组织下手还是因为与印度的冲突牵制了自己的精力。
巴基斯坦的面积只有印度的四分之一，人口只有印度的七分之一，经济实力更是只有印度的十分之一，纵观历史上三次印巴战争尽管双方互有胜负，但印度到底略占上风。然而巴基斯坦相比印度也有一大优势：印度是一个多民族多种族多宗教的国家——印度有300多个民族、上千种语言以及印度教、伊斯兰教、佛教、基督教、锡克教等各种各样的宗教体系，仅官方语言就有18种，加之国内巨大的贫富落差和种姓制的束缚，很难形成统一的合力，于是印度政府在全世界都是出了名的低效；相比之下巴基斯坦的民族宗教成分是比较单一的，政府的行政效率也远远高于印度，所以即使在国力相对有限的情况下巴基斯坦也可以凭借相对的高效率优先发展国防军工事业，这是巴基斯坦在国土面积、人口数量、经济实力均处于下风的状态下还能与印度抗衡的根本原因。可巴基斯坦其实同样是一个多民族国家，而巴基斯坦强化国民认同、提升行政效率的手段就是强化统一的伊斯兰信仰，以此作为国民认同的纽带，增强民众抵抗印度的决心。然而在巴基斯坦国内浓厚的宗教氛围之中也滋生了秉承原教旨主义的极端组织的生活土壤——从某种意义上而言：由于极端组织的存在客观上对印度起到了一定牵制作用，也因此得到了当地穆斯林民众一定的认可和支持。问题在于：巴基斯坦尽管是一个宗教气息比较浓厚的国家，却并不是一个奉行原教旨主义的极端宗教国家。事实上极端组织的做大做强并不是巴基斯坦政府所乐见的：一方面极端组织的存在在牵制印度的同时也极大扰乱了巴基斯坦的国内秩序，另一方面极端组织的存在也损害了巴基斯坦在国际上的形象，因此巴基斯坦无论出于国内治理的需要或是为了给国际上一个说法都有心取缔极端组织。在印巴对抗的大格局之下巴基斯坦国内的宗教气息是比较浓厚的，同时克什米尔当地的穆斯林民众对极端组织也是心存一定幻想的，如果巴基斯坦政府要强行取缔这些极端组织将有可能导致国内矛盾激化，从而使自己在印巴对抗的格局之中处于不利位置。
这次默罕默德军对印度方面的袭击事件发生后印度总理莫迪第一时间警告称“我们的警察人员不会白白牺牲，恐怖分子和他们背后的支持者将会为此付出巨大代价。”事实上在印、巴两国围绕克什米尔争锋的大格局下当地存在着亲印、亲巴的各种武装组织，这些武装组织本身良莠不齐——涉及恐怖暴力袭击者也不在少数。然而巴基斯坦方面一直坚定地认为：这是当地穆斯林民众自发反抗印度的行为，尽管其中有一部分组织涉及恐怖暴力袭击，但巴基斯坦政府从未支持过这些组织，而印度方面的表态无异于在未经任何调查的前提下直接将巴基斯坦国家和极端组织之间划了等号，无疑这对巴基斯坦的国家形象是相当重大的伤害。正是在这样的形势下巴基斯坦在其官方声明中强调“我们强烈反对印度政府和媒体界人士在未经调查的情况下试图将袭击与巴基斯坦联系起来的任何暗示。”应该说巴方的态度也是明确的：你印度凭啥无凭无据往我头上泼脏水呀，你说我支持了恐怖分子，那你拿证据出来，你要有证据我就认了，你现在无凭无据就擅自进入我的领土抓人真是欺负上门了啊。当然印度方面也没拿出啥证据，但反正就是一口咬定这事就是你巴基斯坦撺掇的。相比之下巴基斯坦方面则一再向印度展示自己合作反恐的诚意——在袭击事件发生后巴基斯坦总理伊姆兰·汗就通过全国电视讲话表示巴方愿意为调查近日发生在印控克什米尔地区的自杀式袭击事件提供合作并要求印度向巴基斯坦提供这起袭击与巴方有关的确凿证据。应该说巴基斯坦这么做主要还是因为恐怖主义是对全世界人类的共同威胁，而包括巴基斯坦也是受害者之一，至于外交压力当然是有的，不过这倒不完全是迫于印度的压力，实际上因为极端组织的存在已使巴基斯坦在国际外交中颇为被动，也许巴基斯坦的主动打击之举也含有改善本国外交环境的考量。
巴基斯坦主动打击自己境内的“穆罕默德军”非法武装是自己国家的内政，与印度的压力无关。穆罕默德军是宗教极端势力，这个组织在上海合作组织会议上被点过名，是巴基斯坦政府不能允许的。但巴基斯坦国内情景复杂，不能用单一的标谁去衡量，也不能用简单的方式去应对，只要它没有危及到国际社会，就应该由巴基斯坦自己国内解决。但，穆罕默德军的问题也比较另类，它涉及的主要是克什米尔问题，这就是问题的复杂性。
印巴之争主要是克什米尔之争，
由于克什米尔的争端，印度伎解了巴基斯坦，使东巴基斯坦成了另一个国家。即便这样，巴基斯坦也得不到安宁。所以，巴基斯坦的主要精力都放在保卫国家领土主权的完整上，它的精力无法分散到一些偏僻地区。这就是我们常常看到基地组织，本拉登，俾路支武装，穆罕默德军经常出现在这个国家的一些原因。特别是美国入侵阿富汗，造成了大量的恐怖分子向巴方向渗透，給巴基斯坦造成了极大困扰。说实话，印度和美国对巴基斯坦国内这些现象要负主要责任。但印度把所有问题都推到巴政府身上，显然是不合适的。
巴基斯坦这次大力行动，3月5日逮捕了40多名穆罕默德分子，说实话也是对这些民族主义分子的做法持否定态度。反对它们采取恐怖袭击的方式，来对待印度在克什米尔问题上的不正确做法。问题的根子在印度，发动恐袭的是穆罕默德军。但入侵巴基斯坦却是印度的错误。巴基斯坦在整个冲突中虽略有斩获，但维护地区和平却是巴基斯坦的本意。所以，巴基斯坦对穆罕默德军打击是情理之中的事。但问题的根源并不在巴基斯坦，而是印度在克什米尔问题上的一系列做法。正如巴基斯坦总理伊姆兰.汗说的：最根本问题是克什米尔人民的关切。至于说到本次的恐袭，伊姆兰.汗也表示，只要印度提出证据，巴方愿协助追查到底。
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