杭州和南京分别是浙江与江苏的省会城市，经济实力强，都是“万亿俱乐部”成员，也是长三角城市群的重要节点城市之一。从定位来看，上海是长三角城市群的龙头，而杭州、南京和合肥被定位为长三角城市群的副中心，因此谁是二号城市，从定位来看，它们是处于同一等级的。抛开定位不谈，杭州与南京也各有优势，相对来说，杭州的经济更有优势，而南京的综合实力更强。
经济方面，杭州不仅仅是GDP高于南京，杭州的上市企业数量、总市值，独角兽数量、城市资金总量等紧随北上广深之后，近年来甚至还有出现“北上深杭”的说法，可见杭州的经济影响力还是比较强的。而且在阿里巴巴等企业带动下，杭州的互联网产业非常发达，杭州也是国际重要的电子商务中心。当然，南京的经济也很发达，南京的半导体与芯片等现代特色产业，具有很强的竞争力。但相对来说，南京的经济发展还不如杭州。
但南京的综合实力非常的强悍。在江苏省内，苏州的GDP远高于南京，而且也比杭州高得多，但综合实力都不及南京。南京是国务院批复确定的中国东部地区重要的中心城市、全国重要的科研教育基地和综合交通枢纽。根据联合国人居署与中国城市经济学会公布的2018年中国内地城市综合排名显示，南京位居全国第8，而杭州则是第9。
总之，杭州和南京，不管谁是长三角的二号城市也好，它们各有优势，无须互掐。
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