虽然后世对秦始皇“焚书坑儒”，存在一定争议，但毫无疑问，秦始皇的举动禁锢了思想繁荣，对包括儒家思想在内的中华文化，是毁灭性的打击。汉武帝的“罢黜百家，独尊儒术”，同样也存在争议，但自汉武帝开始，儒家逐步成为唯一的统治思想，这是事实。
一、“焚书坑儒”的争议
秦始皇焚书是事实，不过，他并不是所有的书都烧了，焚书针对的是六国史书。毫无疑问，儒家很多典籍都在此范围，是中华文化史上的一次浩劫。
秦始皇坑儒，坑的主要是方士，当时的方士统称“儒”，跟我们现今的理解完全不一样。但也有不少儒家人士受牵连被坑。
二、“罢黜百家独尊儒术”的争议
《史记》记载，董仲舒在给汉武帝的建议中，提到的说法是：推明孔氏，抑黜百家。“罢黜百家独尊儒术”的说法，出自班固的《汉书》。
后人以此认为，汉武帝时期存本不存在，所谓的“罢黜百家独尊儒术”。但我认为过于学术化了，“推明孔氏抑黜百家”，在意思上已经等同“罢黜百家独尊儒术”。
三、焚书坑儒对儒学的影响
秦始皇焚书坑儒对儒学的影响，主要体现在两个方面，一是思想禁锢，二是学术断层。
中国人的文化基因，形成于春秋战国的诸子百家。正是在这个看似混乱，百家争鸣的时代，先人的思想才得以精炼萃取，成为融入我们骨髓的共同基因。
无疑，焚书坑儒导致思想禁锢，人才凋落，文化凋零。秦始皇时期没有大思想家诞生，就是例证。即便叔孙通这样的大儒，也是到了西汉才崭露头角。
焚书坑儒造成的学术断层，更是致命的。中国很多经典，就是在那个时期遗失的，如《尚书》、《左传》等，虽然后期陆续找回一部分，但一是不全了，二是真假难辨。
很多著作，只能靠存世的老儒生，凭着记忆默写恢复，结果导致经义混乱。西汉末年的“古文经学”与“今文经学”之争，焚书坑儒跑不掉罪责。
四、“罢黜百家独尊儒术”，对儒学的影响
西汉立国之初，信奉的是黄老学说。自汉武帝开始，确立儒学显学的地位。虽然光武帝对董仲舒的建议是“解剖式”接受，即把对他有利的部分，如新王改制、更教化易服饰等，全盘接受；把对他不利的，如天人感应等，弃之不用。
汉武帝被董仲舒的思想打动，大力兴儒，从此儒生逐步成为朝堂主流。此后，汉武帝兴办太学，射策拔濯，都为儒生开通了直通道。
到了汉元帝时期，没有儒家学者身份，就等于断了晋升之路。儒生就是进入仕途的唯一身份证，从此正式确立了儒家思想不可动摇的地位！
从根子上来说，儒家思想的霸主地位，起源于汉武帝的“独尊儒术”。
据《史记.秦始皇本纪第六》记载，公元前213年秦始皇（前259～前210）采纳丞相李斯（？～前208）建议，下令焚毁除《秦记》、医药书、卜筮、种树书以外的列国史记和私藏的《诗》《书》、百家语等，并且禁私学，把460多名犯禁的儒生坑死在咸阳，史称“焚书坑儒”，实行了文化专制，严重影响了儒学的发展，但《易经》、医药、生产种植技术之类没受到影响，甚至还有一定的发展。
汉武帝（前156～前87。前140～前87年在位）时，董仲舒（前197～前104）在提出“君权神授”的基础上，于元光元年(前134年)提出“罢黜百家，独尊儒术”。所谓“百家”，就是指法家、道家、墨家、阴阳五行家、名家、纵横家、杂家、农家、小说家等10类共190家（见《汉书•艺文志》）。其中不在“六艺”（即礼、乐、射、御、书、数）之内的都要被抑黜，叫做“罢黜百家”。所谓“独尊儒术”，就是只尊重儒家的学说。凡是做官的人都要懂得儒家的学说，用儒家的思想来解释法律。“罢黜百家，独尊儒术”被汉武帝采纳，确立了儒家的正统地位和主流思想。它维护了封建统治秩序，神化了专制王权，受到中国古代封建统治者推崇。董仲舒还创立“三纲、五常”学说，《汉书》称其“为群儒首”。但汉武帝“罢黜百家，独尊儒术”的做法受到爱好黄老之学（即老子之道）的祖母窦太后的强烈反对，儒家势力受到打击。汉武帝于建元五年(公元前136)又置《五经》博士，使儒家经学在官府中更加完备。建元六年(前135)，窦太后死，儒家势力再度崛起。汉武帝元光元年(前134)，将不治儒家《五经》（即《易》《诗》《书》《礼》《春秋》）的太常博士一律罢黜，排斥黄老别名百家之言于官学之外，提拔布衣出身的儒生公孙弘（前200～前121）为丞相，优礼延揽儒生数百人，还批准为博士官置弟子五十人，根据成绩高低补郎中文学掌故，吏有通--艺者选拔担任重要职务。“独尊儒术”以后，官吏主要出自儒生，儒家逐步得到发展。
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