朱祁镇要杀于谦是有多重原因的:
一、于谦善于谋国，不善于谋身。
土木堡一役，明英宗朱祁镇在死太监王振匆忙带二十万大军被蒙古的一支瓦剌太师也先全歼在土木堡。大明无数文官武将战死，最为精锐的三大营全军覆没，京城已不堪一击。眼看大明就要重蹈北宋靖康年徽宗、钦宗的覆辙，大明兵部侍郎、代理兵部尚书于谦(尚书邝埜随王伴驾，后战死)挺身而出。
A、他力主坚守京城，并成功地指挥了北京保卫战。
土木堡一役后，京城三大营及京城附近的主力全军覆没，于谦手头只有预备役和后勤部队。他征得摄政朱祁钰的支持，征调全国军队十万人勤王，力排众议，坚守京城，让勤王军路过通州粮仓，取粮运至京城。
在众臣愤怒，干掉王振死党锦衣卫指挥马顺、毛贵、王长随后，奏请朱祁钰下令百官无罪！又奏请把王振的侄子王山绑至刑场，凌迟处死。稳定了京城人心。
于谦分派诸将守护京城九门，自己亲守德胜门！并且下达连坐法，违抗军令者，格杀勿论！下令守军开战之日，众将率军出城之后，立即关闭九门，有敢擅自放入城者立斩！结果硬是依靠这些大明的民兵、地方部队击败了也先的瓦刺军！
B、他为了大明不受瓦剌绑匪的讹诈，扶朱祁钰上位，也把自己逼上了绝路。
土木堡一役，如朱祁镇逃回或死了，于谦的命运将会改写，但历史不容假设，朱祁镇被俘了，也先押着这个最大的肉票到处敲诈勒索，要钱要地。这时于谦在太后支持下，扶朱祁钰上了位，绝了也先的望，但立朱祁镇的儿子朱见深为太子。于谦客观上也让自己站到朱祁钰的团队前列，一旦朱祁镇复位，可能是定点清除对象。这种即位方位本是危机四伏的，本是太后和祁钰、大臣相互妥协的产物。而作为朝廷最主要的大臣之一于谦身不由已地卷进政治漩涡中，朱祁钰如果成功控制政权，他为自己着想，将来肯定要立自己的儿子，那朱见深处境必然艰难，而如果见深有机会上位，那于谦肯定没好果子吃。于谦如求自保，应力助朱祁钰保住皇位，并力保朱祁钰儿子上位。但朱祁钰病危，没有一个儿子，于谦要想扶朱见深复太子位，就要速战速决，力劝朱祁钰下诏，这样朱祁镇必不会要他的命；第二种向朱祁钰晓以利害，早日下遗精诏一藩王，自己力争朱祁钰支持，控制兵权，这样还有拥戴之功，自己更无性命之忧；于谦的自身危机处置是最糟糕的，本应快刀斩乱麻，他却磨磨磨唧唧，想扶朱见深复位，又行动迟缓，让危机一步步靠近自己！(如祁钰下诏复朱见深太子位，意味着还政于祁镇儿子，祁镇还夺个屁门？须知夺门不成，是要掉脑袋的！
二、于谦在朱祁镇回归、软禁，儿子朱见深太子被废等事上不敢作为，深深得罪了朱祁镇。
对于一个自身被囚，差点儿亡国的英宗，于谦没任何好感。所以在朱祁钰上位后，于谦很少张罗朱祁镇的事情，朱祁镇在蒙古受尽折磨，好不容易才由杨善忽悠了也先，回国。回国后，被囚禁在南宫，连避暑的大树都被好弟弟祁钰砍掉。接着，朱祁钰又千方百计废掉侄子朱见深，改立自己的儿子朱见济为太子。直到儿子死了，自己病重也不愿意侄子朱见深上位。
于谦认为这是皇家的私事，不便过多干预，但他不知作为景泰朝的第一重臣，一旦朱祁镇的还乡团回来，反攻倒算，第二个肯定是清算他！
三、朱祁钰病重时，正月十六日，于谦、王直、商辂准备第二天提请皇帝复立朱见深为太子，但正月十六日徐有贞、石亨等为荣华富贵怂恿朱祁镇发动夺门之变，于谦就此错过了与祁镇和好的时机。
四、于谦身为祁钰一派的第一重臣，又立下了保卫京城的大功，自是祁镇的眼中盯、手中刺！
五、于谦一心为国，得罪了还乡团的骨干徐有贞、石亨。
徐有贞是也先攻打北京城前力主南迁的，于谦大喝:力主南迁者，杀！结果徐有贞被贬。
京城保卫战第一功臣于谦仅受少保虚衔。而大将石亨封侯，石亨心怀感激，保于谦子于冕为官，谁知马屁拍在马腿上，于谦对皇上说:石亨身为大将，却保举私人，应予惩戒！水至清则无鱼，人至察则无朋！
六、徐有贞的“不杀于谦，此举(夺门之变)无名！”这只是祁镇杀于谦的借口。
徐有贞告御状说于谦不愿和谈、拥立新君，是想置太上皇于死地。朱祁镇摇头说:于谦是有功的。当老徐说道:不杀于谦，此举无名！诬告于谦等大臣准备立外藩王为帝，不杀掉于谦，树立一个阴谋集团的典型，向举国上下表明自己行为的被迫性和正义性，“夺门之变”就失去合法性！
于谦终于被杀，当年明月先生也认为祁镇是被徐有贞利用了，苍茫大地认为:祁镇早已动了杀于谦之心，有贞只不过提供了一个很好的借口，应该这样理解:朱祁镇要睡觉，徐有贞送来了枕头，如此而已！
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话说明正统十四年（1449年）蒙古瓦剌骑兵在土木堡之战中大败明军，并且将卸驾亲征的英宗皇帝俘获带走。
后来将英宗作为人质带临城下，欲以英宗作为交换条件，诈取京城中的官兵开城门迎“圣驾”。于谦看出敌兵的狼子野心，组织全京城的残兵败将，亲自指挥战斗，并说服皇太后，立英宗的弟弟朱祁钰为新皇帝。立阵于九门城外与敌恶战，还亲自披甲持枪，一马当先冲出德胜门外，与围城敌人拼杀，百姓见于谦身先士卒，不怕牺牲，城中士气大振，百姓们纷份上房揭瓦扔打敌骑，真乃同仇敌愾，全兵皆兵，于谦指挥炮兵，用炮火击毙多名敌酋后，蒙古瓦剌兵大败而跳蹿。
于谦保住了京城，保住了明朝江山。可是瓦刺人见留着英宗皇帝已经没有用途，不如放回去，让明朝“二龙争位”，制造混乱。
放回来的英宗朱祁镇，变得多么的“多余”，成了一个逍遥王，完全无所事事。其实他并非闲着，他打仗领兵不行，可搞阴谋诡计倒是很在行呢！整天盘算着“政变夺位”，终于机会来了，1457年代宗朱祁钰病危，英宗趁机发动政变，夺回了梦寐以求的龙椅大位，并将病中的代宗朱祁钰降为成王，改元为天顺。
“南宫复辟”后，英宗记恨于谦，自已被蒙兵绑架带临城下时，于谦竞敢拒开城门见死不救！尔后又擅自立新君，此乃不忠不孝之人，必将其诛杀之，而释心中之恨，英宗捏造了“于谦欲迎立外潘”，犯下“谋逆之大罪”。
天顺元年（1457年）正月22日于谦被押赴西市口问斩……全京城百姓无不为之恸哭流泪。“公被刑之日，阴霾翳天，京郊父孺，无不洒泪”。他们刑场洒酒祭，烧纸钱，大放悲愤，大哭不止。
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